Trong nửa đầu năm 2020, tình trạng xâm ngập mặn kéo dài khiến người nuôi cá tra khó thả giống vụ mới, cá nuôi bị bệnh và chết, hiệu quả sản xuất giảm do tỷ lệ hao hụt ngay từ công đoạn giống lên thương phẩm. Doanh nghiệp chế biến chủ yếu thu mua cá nguyên liệu trong chuỗi liên kết hoặc cá của doanh nghiệp khiến lượng cá tồn trong dân khá cao; hàng tồn trong kho doanh nghiệp khá cao. Tuy nhiên, đến các tháng cuối năm 2020, khi tình hình dịch bệnh được khống chế, sự phục hồi của các thị trường nhập khẩu cùng sự nỗ lực của doanh nghiệp, bà con nông dân nuôi cá nên sản lượng và kim ngạch xuất khẩu cá tra đã có những chuyển biến tích cực. Năm 2020, sản xuất giống cá tra tại các địa phương vùng ĐBSCL ổn định. Toàn vùng ĐBSCL có khoảng 120 cơ sở sản xuất giống cá tra (cơ sở có nuôi giữ đàn cá tra bố mẹ), gần 4.000 ha ương dưỡng cá tra giống; sản xuất được khoảng 2 tỷ cá tra giống (bằng 100% so với năm 2019); đã thay thế 60.000 nghìn con cá bố mẹ chọn giống, do đó chất lượng con giống cá tra đã từng bước được cải thiện.

Năm 2020, giá cá tra nguyên liệu tại ĐBSCL rơi xuống mức thấp do Covid-19 ảnh hưởng tới hoạt động XK. Các thị trường chính đều gặp khó khăn, lượng hàng tồn kho cao. Từ mức 26.500 đồng/kg (mức cao nhất trong năm 2019 vào tháng 3/2019) đã rơi xuống mức 18.500 - 18.800 đồng/kg (tháng 6/2020) và tiếp tục rơi xuống mức 18.000 đồng/kg (tháng 7/2020). Chỉ trong nửa năm, cả người nông dân và doanh nghiệp nuôi cá đều thiệt hại do thị trường bị dồn ứ, hàng trong kho không thể tiêu thụ do nhiều nước thực hiện giãn cách xã hội, đóng cửa biên giới hay ngưng mọi hoạt động kinh doanh của các nhà hàng, khách sạn. Giá cá tra giảm từ 4.000 - 8.500 đồng/kg so với cùng kỳ năm 2019. Mãi cho tới tháng 10/2020, thị trường phục hồi, XK sang một số thị trường khả quan hơn thì giá cá tra nguyên liệu mới bắt đầu tăng lên 19.500 đồng/kg và lên mức 21.000 - 21.500 đồng/kg (tháng 12/2020). Mức này tương đương so với cùng kỳ năm 2019 và ổn định cho tới nay. Giá cá tra phile đông lạnh XK, FOB, năm 2020 thấp hơn hẳn so với cùng kỳ năm 2019. Từ tháng 3-8/2020, giá XK trung bình xấp xỉ 2 USD/kg so với mức từ 2,38 – 2,75 USD/kg cùng kỳ năm trước. Tuy nhiên, thàng 10/2020, giá XK tăng lên mức 2,35 USD/kg, cao hơn so với cùng kỳ năm 2019. Tại Hội nghị về Triển vọng Nuôi trồng Thủy sản toàn cầu, Rabobank đưa ra dự báo về sản lượng nuôi cá tra thế giới trong năm 2021. Trong đó, dự báo sản lượng cá tra nuôi của Việt Nam chiếm khoảng 40% tổng lượng cá tra toàn cầu, đạt khoảng hơn 1,2 triệu tấn. Tuy nhiên, theo nhận định của VASEP, năm 2021, nếu Covid-19 được kiểm soát tốt trên thế giới, hoạt động thương mại bình thường trở lại thì sản lượng nuôi của Việt Nam sẽ đạt ít nhất 1,65 triệu tấn.